أنشئ المجلس العلمي بناءً على المادة  الثامنة والعشرون من نظام مجلس التعليم العالي والجامعات. وقد كانت بداية انطلاق انعقاد المجلس العلمي بجامعة الباحة في العام الجامعي 1430هـ - 1431هـ،  حيث عقدت الجلسة الأولى من الدورة الأولى للمجلس. ويقوم المجلس العلمي بالإشراف على الشؤون العلمية لأعضاء هيئة التدريس وشؤون البحوث والدراسات والنشر. ويجتمع المجلس العلمي بناء على دعوة رئيسه مرة كل شهر على الأقل، وللرئيس أن يدعو المجلس إلى الاجتماع إذا دعت الحاجة لذلك، أو إذا قدم إليه ثلث الأعضاء طلبا مكتوبا بذلك، أو بناء على طلب مدير الجامعة الذي له أن يطلب إدراج أي مسألة يراها في جدول الأعمال. ولا تكون اجتماعات المجلس صحيحة إلا إذا حضرها ثلثا أعضائه على الأقل.

وتصدر قرارات المجلس العلمي بالأغلبية المطلقة لأصوات الحاضرين، وإذا تساوت الأصوات يرجح الجانب الذي فيه الرئيس وتعتبر القرارات نافذة ما لم يرد عليها اعتراض من مدير الجامعة خلال خمسة عشر يوما من تاريخ وصولها إليه وإذا اعترض عليها أعادها إلى المجلس العلمي مشفوعة بوجهة نظره لدراستها من جديد، فإذا بقي المجلس على رأيه تحال القرارات المعترض عليها إلى مجلس الجامعة وتنظر في جلسة عادية أو استثنائية ولمجلس الجامعة تصديق القرارات أو تعديلها أو إلغاؤها وقراره في ذلك نهائي.