نظرا لأهمية التدريب السريري لطلاب كلية الطب فقد تم تأسيس وكالة الكلية لشؤون المستشفيات والتي قامت ببناء علاقات متينة مع مختلف القطاعات الصحية التي تحتاجها العملية التدريبية سواء كان ذلك في مرحلة السنوات الأساسية أو في مرحلة السنوات السريرية فضلا على إيجاد لائحة تدريب أطباء الامتياز والبدء في تدريبهم.

وتشارك الوكالة أيضا وبالتعاون مع القطاعات الصحية الأخرى في كثير من الانشطة التطوعية

وتهتم بالخريجين وتتواصل معهم لتذليل اي عقبات تواجههم في المستقبل.

يندرج تحت الوكالة ثلاث وحدات رئيسية وهي

١- وحدة التدريب

٢- وحدة أطباء الامتياز

٣- وحدة الخريجين